Wie viele pharmazeutische Unternehmen ist auch APOGEPHA aus einer Apotheke hervorgegangen. 1882 begründete der Apotheker C. Stephan einen Fabrikationsbetrieb, den er später mit dem Laboratoriumsbetrieb der Dresdner Kronenapotheke zu einem selbstständigen Unternehmen vereinigte.
Nach mehrfachem Wechsel des Besitzers trennten sich die Wege der heute noch existierenden Dresdner Kronenapotheke und des Fabrikationsunternehmens im Jahr 1913. Fünf Jahre später bezog der Fabrikationsbetrieb, damals noch unter "C. Stephan: Fabrik für chemisch-pharmazeutische Produkte" firmierend, die neuen Herstellungsräume in Dresden Striesen, die heute noch Firmensitz des Unternehmens sind.
Die düstere wirtschaftliche Situation nach Ende des Ersten Weltkrieges und die fortschreitende Inflation zwangen das Unternehmen zur Gründung einer Aktiengesellschaft (1921).
In dieser Zeit traten die Leowerke und damit Ottomar von Mayenburg, der Erfinder der Chlorodont-Zahncreme, in die Führung des Unternehmens ein. Wenige Jahre darauf übernahmen die Leowerke das Unternehmen zu 100 Prozent. Im Jahr 1931 verkauften die Leowerke das pharmazeutische Unternehmen an die Sächsische Apothekergenossenschaft, die damit eine eigene Arzneimittelherstellung in größerem Stil begründen wollte. Aber nur kurze Zeit darauf zwang die wirtschaftliche Situation die Apotheker, in Liquidation zu gehen.
Den heutigen Namen verdankt APOGEPHA dieser Zeit, seit 1931 firmierte das Unternehmen unter dem Namen "APOGEPHA". Er leitet sich ab aus der damaligen Firmenbezeichnung: »Apothekergenossenschaft für Herstellung und Vertrieb pharmazeutischer Präparate C. Stephan e. G. m. b. H.«.
